A Companhia Docas de São Sebastião possui um Programa de Gerenciamento de Resíduos Sólidos – PGRS aprovado pelo IBAMA, pela ANVISA e órgãos intervenientes para avaliação sobre a eficiência do gerenciamento de resíduos portuários. Neste PGRS são apresentadas todas as fontes geradoras de resíduos, bem como sua quantificação e classificação. Também estão contemplados os procedimentos para realização do inventário de resíduos portuários e ações de gestão para todos os resíduos gerados na área do Porto Público de São Sebastião e demais instalações administradas pela Companhia (escritórios e oficinas). Para fins de gestão de resíduos oriundos de navios, a Companhia elaborou e implementou a Norma Técnica – NT 01/2011 à luz da Resolução ANTAQ nº. 2190 de 28/07/2011. Todas as operações de retirada de resíduos de embarcações ocorrem somente após a aprovação prévia da solicitação que é realizada por meio de requerimento próprio. Todas as operações são acompanhadas por técnicos de segurança e meio ambiente que enviam a documentação comprobatória referente à geração e destinação destes resíduos à Companhia Docas de São Sebastião a fim de evidenciar o destino e tratamento final.

Outro foco da gestão está direcionado ao controle sobre a geração de resíduos oriundos de operações de manutenção de máquinas e equipamentos executados pelos operadores portuários.
Para tanto a gerência de meio ambiente elaborou uma instrução técnica que definirá meios de acondicionamento, pesagem, sinalização e apresentação de evidências de tratamento para resíduos gerados em projetos, cargas especiais e ou manutenções de máquinas e equipamentos na área do Porto. Quanto aos recicláveis, foram instaladas lixeiras para descarte e coleta de resíduos recicláveis e orgânicos no cais, acessos à área portuária e instalações administrativas. Os recicláveis são coletados e encaminhados à Copersus (Cooperativa de reciclagem do município). Os resíduos não recicláveis e domésticos são recolhidos pela empresa municipal de coleta de resíduos domiciliares e limpeza urbana.